Yıl 1978 ve dünya yörüngesinde bulunan Sovyet uzay istasyonu Salyut 7 kontrol merkezinden gelen komutlara cevap vermemeye başlar. Şayet uzay istasyonu düşecek olursa sadece Rusya’nın imajı zedelenmekle kalmaz aynı zamanda açıklanamayacak felaketlere de yol açabilecektir. Bu olayı araştırmak ve felaketi önlemek için astronotlar uzay istasyonuna gönderilmelidir. Ancak tarihte kimse uzaydaki kontrolsüz bir araca yerleşme girişiminde bulunmamıştır. Bu görev, uzay araştırmaları tarihindeki teknik olarak en zorlu görevlerden biri olacaktır. Göreve Vladimir Dzhanibekov ve Viktor Sayinkh gönderilir ve uzay istasyonunu tekrar faaliyete geçirmeye çalışırlar.

Dünyanın en önemli beyin cerrahlarından biri olan Stephen Strange (Benedict Cumberbatch), geçirdiği bir trafik kazasının ardından meslek hayatını bitirmek zorunda kalmıştır. Hem fiziksel, hem de mental olarak tedaviye ihtiyacı olan bu kibirli doktor, bir yolculuğa çıkar. Bu yolculukta karşılaştığı Ancient One (Tilda Swinton) ona mistik dünyaların kapısını açacak, sihir ve paralel dünyalar yardımıyla onun yepyeni bir karaktere bürünüp hayatının değişmesine yardımcı olacaktır.

Man of Steel’daki büyük mücadelenin sonrasında Metropolis tam bir enkaza dönmüştür. Bu yeni dünya düzeninde Superman de tartışılan bir figür haline gelmiştir. Bazıları için hala umudun simgesi olan kahraman, sayısı giderek artan bir kesim tarafından ise dünyanın varlığına en büyük tehdit olarak görülmektedir. Bruce Wayne de Superman’i zararlı bulanlardandır ve onun verdiği zararları düzeltebilmek için Gotham’da Metropolis’e gelir. İlk andan itibaren birbirinden hoşlanmayan çift arasındaki mücadele amansız olur. Lex Luthor’un yarattığı Doomsday tüm Metropolis için en büyük düşman haline gelir. Wonder Woman’ın da sayesinde onu alt etmek için güçlerini birleştirirler.